第三方支付进行清结算大致分成几方面：

A、第三方支付清结算系统清分、对账（信息流）

在第三方支付平台完成对上游机构（银行、银联等金融机构或渠道）、商户/用户账务历史的清分、对账。

B、结算（资金流）：将实际的资金付出去
由于结算对象的收款银行形形色色，涉及不同的银行；同时结算的资金额度也不同，有低于五万的，有上百万的。不可能通过单一的渠道完成。一般第三方支付的代付渠道有如下一些类别：

●超级网银：跨行，低于五万，实时到账，成本较低或免费；

●银企直连：同行，额度没限制；

●各地结算中信代收付渠道：本质上调用央行的大小额、同城结算系统，跨行，但具有较大的区域性；

●企业网银：财务人员手工或半自动完成。

需要强调的是，央行的大小额系统、超级网银并不直接开放给第三方支付，第三方支付只能通过与银行等金融机构的合作来获得。

第三方支付在结算资金出款时候，核心的思路：

A、从能够获得的渠道资源（例如免费使用超级网银）、渠道成本、存款利息等因素综合考虑，选择一家能够银行作为存管行。

B、在不同的银行设立收付户，将跨行转账尽量变为同行转账。例如用户甲通过第三方支付从招行转账给用户乙在工行的账户300元，则：

●用户甲通过在线支付完成300元的付款操作；

●第三方支付平台接收到招行支付成功通知；

●第三方支付平台通过调用工行接口（例如银企直连），从工行的自有资金账户/备付金账户转账300元给用户乙。

C、在不同的渠道间进行路由选择

第三方支付在结算出款时候，一般会组合以上渠道进行代付，按照金额、成本、到账时间、成功率、收款银行等要素进行路由，因此银行渠道路由系统是所有第三方支付核心的系统之一。

中国银联一直是中国清算市场的霸主，2015年6月国务院发布（国务院关于实施银行卡清算机构准入管理的决定），此决定意味着银联被打破了其垄断地位。